本學院創立於民前十年,是我國軍事院校中歷史最悠久之學府。本學院之前身為軍醫學校;民國三十六年六月一日與戰時衛生人員訓練所及其分校、分所等十三個單位,合併組成國防醫學院於上海江灣,為醫學中心制。民國三十八年,隨政府遷台至台北水源地。民國七十二年七月一日,原已屬教學醫院之三軍總醫院正式歸併為本學院之直屬教學醫院,使本學院教育組織型態更趨密切。為因應國防醫學發展及配合時代之需要,培育高級師資及研究人才,並充實基層幹部,先後增設博、碩士班研究所及衛勤專科等教育班次。民國八十八年底,於「國防醫學中心整建工程」完工後,搬遷至內湖現址。
民國七十七年初,國防部為對廣大已退役之軍事院校校友加強聯繫與照顧,遂令各軍事院校成立「校友服務中心」,並由各該校院校校長親任校友服務中心主任,各院校政戰部主任擔任副主任,是為校友會之前身。 後歷經國防部總政戰部擬訂校友會組織章程,協調內政部同意,以國防部為「目的事業主管機關」,依法定程序籌組校友會。先於民國七十七年五月撥用台北市新生北路三段170號之前美軍協防司令部舊營舍為校友會辦公場所。繼之,徵請已退役校友吉承俠中將、柏隆櫃中將以及丁憲灝、盧庸籬少將等,協助二處籌組校友會工作;並登報公告於民國七十七年六月十六日,假鳳山陸官校召開發起人大會,號召校友參加。